Походит на случай для comm
команда.
list of files to not delete in "keeper"
ls >current
comm -23 current ../keeper | more
проверьте, что это - корректный список
comm -23 current ../keeper | xargs rm
Не уверен, что apache умеет читать SAN... Полагаю, это все еще в их списке, поэтому это только предупреждение, которое можно безопасно проигнорировать, и я не уверен снова, можно ли его исправить. Это может зависеть от вашего дистрибутива. Некоторые говорят, что удаление default_host исправляет эту проблему, но опять же, это может быть для тех, у кого нет SAN.