Как обновить окно терминалом? Или как моделировать 'F5'?

Если Вы позволяете другим пользователям выполнить программу, то они могут знать все, что программа делает, читаем ли программный файл или нет. Все, что они должны сделать, указать на отладчик (или подобная отладчику программа такой как strace). Двоичный исполняемый файл может работать, если это - исполняемый файл, и не читаемый (сценарий не может, потому что интерпретатор должен смочь прочитать сценарий), но это не дает Вам безопасности.

Если Вы хотите, чтобы другие смогли выполнить Вашу программу как черный квадрат, не позволяя им видеть точно, что делает программа, необходимо дать поднятые полномочия сценария: сделайте это setuid Вашему пользователю. Только корень может использовать средства отладки на setuid программах. Обратите внимание, что запись безопасных setuid программ не легка, и большинство языков не подходит; посмотрите Позволяют setuid на сценариях оболочки для большего количества объяснений. Если Вы собираетесь записать setuid программу, я настоятельно рекомендую Perl, который имеет режим (режим инфекции), это явно предназначается для создания безопасных setuid сценариев возможными.