Как интерпретировать следующий шаблон данных времени работы?
В Вашей домашней находке gedit папка и удаляет свое содержание (или сама папка), который содержит Ваши предпочтения и настройки. В Fedora это должно быть под:
/home/username/.gnome2/gedit
/home/username/.gconf/apps/gedit-2
/home/username/.gconf/apps/gnome-settings/gedit
Если вы посмотрите на эти строки в вашем top выводе:
Mem: 1016284k total, 1008232k used, 8052k free, 580k buffers
Swap: 2096440k total, 2095168k used, 1272k free, 9872k cached
у вас закончилась и оперативная память, и своп. Я подозреваю, что если вы посмотрите вывод vmstat 10, вы увидите, что машина умирает от трэша.
Машина, на которой работают MySQL и Apache, практически не должна использовать своп. Я подозреваю, что вам нужно изменить настройки MySQL в соответствии с доступной памятью (например, уменьшить кэш запросов, уменьшить пул innodb и т.д.). Также возможно, что вам нужно уменьшить максимальное количество разрешенных дочерних Apache. Или, возможно, у вас есть запущенный скрипт (PHP и т.д.), который использует тонны памяти (отсортируйте топ по RSS).