Размер блока не относится к raid1, потому что нет никакого чередования; по существу весь диск является одним блоком. Короче говоря, Вы не должны волноваться о 4k физическом размере сектора. Последние версии mdadm используют информацию от ядра, чтобы удостовериться, что запуск данных выровненный к границе 4 КБ. Просто удостоверьтесь, что Вы используете 1.x формат метаданных.
erm, не делайте Вам нужно:
$ git clone ssh://myuser@mybox.net:1234/home/myuser/git3
??