Дефрагментация (или был), рекомендуемый в соответствии с Windows, потому что это имело плохую реализацию файловой системы. Простые методы, такие как выделение блоков для файлов в группах, а не один за другим подавляют фрагментацию в соответствии с Linux. Типичные файловые системы Linux только значительно получают от дефрагментации в почти полной файловой системе или с необычными шаблонами записи. Большинству пользователей не нужен он, хотя тяжелые акционеры файла могли извлечь выгоду из него (заполнение файла в небольших битах в середине не имеет место, ext3 был оптимизирован для; если Вы обеспокоены фрагментацией и Вашим bittorrent, или другой клиент совместного доступа к файлам предлагает ту опцию, скажите этому предварительно выделять все файлы прежде, чем начать загружать).
В данный момент нет никакого готового к производству инструмента дефрагментации для общих файловых систем на Linux (ext3 и ext4). Если Вы установили Ubuntu 9.10 или более новый, или преобразовали существующую установку, у Вас есть ext4 файловая система, которая поддерживает степени, далее уменьшающая фрагментация.
Для тех случаев, где фрагментация действительно возникает, ext4 инструмент дефрагментации находится в работах, но это еще не готово.
Обратите внимание, что в целом, философия Linux и особенно философия Ubuntu - то, что общие задачи обслуживания должны произойти автоматически без Вашей необходимости вмешаться.
Хорошо это должно быть запуском, если Вы уже не просмотрели его: https://help.ubuntu.com/community/AppArmor