Как я могу определить количество страницы djvu документов от CLI?

Попытайтесь делать это:

mkdir ../new_dir
find . -type f -name '*.epub' -exec mv {} ../new_dir/ \;

если все файлы называют name.epub, затем необходимо увеличить переменную как это (использующий удар)

mkdir ../new_dir
find . -type f -name '*.epub' |
    while read a; do
        ((c++))
        base="${a##*/}"
        mv "$a" "../new_dir/${base%.epub}_$(printf %.03d $c).epub"
    done