Что, если Вы увеличиваете свой второй пример немного следующим образом:
$ ffmpeg -r 1 -i data/input-%4d.png -c:v libx264 out.mp4
-r 1
потребности прибыть перед .png файлами, не после.
Как правило опции применяются к следующему указанному файлу. Поэтому порядок важен, и у Вас может быть та же опция на командной строке многократно. Каждое возникновение затем применяется к следующему файлу ввода или вывода.