Журнал является различием. У Вас не может быть ext3 файловой системы без журнала. При отключении журнала это становится ext2 файловой системой снова.
ext4 имеет много выгодных функций и может работать без журнала, делая его намного лучшим выбором.
Если Вы знаете названия файлов, почему Вы только не перечисляете их в текстовом файле и используете - файлы - из директивы?
--files-from=FILE read list of source-file names from FILE
Можно попробовать:
rsync -a --no-links -f"- */" -f"+ *" source/ destination/