Как изменить то, что Alt+F2 называет в GNOME?

Даже без любого перенаправления, или с только >logfile 2>&1, Вы, как гарантируют, не будете видеть вывода в порядке поколения.

Для начала, stdout из приложения будет с буфером строки (к tty) или буферизованный (к конвейеру), но stderr освобожден буфер, таким образом, отношения между порядком вывода повреждаются, что касается читателя. Последующие этапы в любом конвейере, который Вы могли придумать, не получат детерминировано заказанный доступ к этим двум потокам (они - концептуально вещи, происходящие параллельно, и Вы всегда подвергаетесь планировщику - если к тому времени, когда Ваш читатель получает часть, писатель уже записал в оба канала, Вы не можете сказать, который был на первом месте).

"[T] он приказывает, чтобы они произошли", только действительно известен приложению. Упорядочивание вывода через stdout/stderr является известным - классиком, возможно - проблема.