Каким образом каждая программа или сервис имеют собственную учетную запись в/etc/passwd?

Это сделано по 2 причинам. Безопасность и аудит. С точки зрения безопасности каждый сервис помещается в свой собственный "бункер" так, чтобы ему можно было предоставить доступ только к ресурсам, в которых он нуждается в системе. Эти ресурсы могут быть дисковым пространством, доступом к файлам или выделениями RAM или ЦП.

Дополнительно каждый сервис может быть отгорожен от любого сервиса так, чтобы только взаимодействия, которые имеют смысл, были позволены.

С точки зрения аудита это позволяет администратору системы легко определять, какие процессы работают что операции по системе.

Ссылки

• Стратегии установки групп в системах Unix
• Что может улучшить безопасность Вашей системы UNIX?
• Обеспечение сетевых служб и инфраструктуры