Попробуйте следующее:
ffmpeg -i input.avi -vcodec msmpeg4v2 -acodec copy output.avi
У Вас есть несколько опций. Если Вы хотите, чтобы система Linux выполнила Ваши обязанности программирования, можно установить виртуальную машину с Ubuntu или другим дистрибутивом в OSX. Другая опция, делают раздел Вашего основного диска (где Вы установили OSX), и установите Ubuntu в новом разделе, таким образом можно выбрать между OSX и Ubuntu во время начальной загрузки. IMO Вы не должны устанавливать систему на внешнем диске, потому что скорость передачи USB могла бы действовать как узкое место.
Надеюсь, что я помогаю Вам!
Править: Вы редактируете настолько быстро ;-). ISO, который Вы используете в VMware, является 'базовым изображением' для установки система. Как далеко я знаю, VMWARE (и другое программное обеспечение виртуализации) создает виртуальный диск, где хранит все Ваши данные. Можно искать любой инструмент, которые преобразовывают этот виртуальный диск в другой формат для использования его. Если Вы хотите, сохраняют все установленные пакеты, которые можно выполнить:
dpkg -get-seletions | egrep '.*[[:blank:]]install' > installed.txt
и затем Вы могли использовать обратную опцию: dpkg -set-selections installed.txt