Сценарии RC вызываются как неинтерактивные сценарии оболочки. Таким образом они не читают/etc/profile. Таким образом необходимо явно определить переменные в сценарии. Или непосредственно в Вашем сценарии или использовании немного (покрывание) партии методов использования сценария RC (основные переменные, определенные в/etc/sysconfig/$package).
Посмотрите, как tomcat6 делает это (хотя он является вполне сверхсложным согласно моему мнению).