Необходимо установить gvfs, чтобы заставить Корзину PCManFM работать.
Это хранит файлы в месте стандарта FreeDesktop: ~/.local/share/Trash/files
У меня была та же проблема, но в другой ситуации и, следовательно, с другим решением. В моем случае удаление не работало только для файлов на моем втором жестком диске. Чтобы это работало, мне пришлось создать каталог «.Trash» на верхнем уровне жесткого диска. Разрешения должны быть установлены следующим образом:
chmod 1777 .Trash
Почему смотрите здесь: https://specifications.freedesktop.org/trash-spec/trashspec-latest.html