Как разделить файлы?

Существует несколько хороших ответов. Я хотел бы далее ответить на часть исходного вопроса: "Любые общие ресурсы о том, как Linux обрабатывает расширения файла, были бы полезны".

Возможно зарегистрировать расширения, так, чтобы Linux всегда открыл определенные расширения с определенными программами. Это средство называют binfmt.

binfmt_misc является возможностью ядра Linux, которое позволяет произвольным форматам исполняемого файла быть распознанными и переданными определенным приложениям пространства пользователя, таким как эмуляторы и виртуальные машины. Форматы исполняемых файлов регистрируются через интерфейс файловой системы особого назначения (подобный/proc). Находящиеся в Debian дистрибутивы обеспечивают функциональность через дополнительный пакет binfmt-поддержки.

Каждый формат имеет соответствующую запись файла в/proc/sys/fs/binfmt_misc каталоге, который может быть прочитан для получения информации о данном формате файла.