PATH
для определения каталогов исполняемых программ. LD_LIBRARY_PATH
используется для определения каталогов библиотек.
Проблема - Вы, включали два отдельных PPAs для PHP. Вы установили PHP5 с помощью PPA от "zanfur", но php-mcrypt
имеет более старую версию, чем та от "ondrej".
При удалении PPA для ondrej необходимо получить версию от repo, что Вы установили PHP от (хотя, это, кажется, не правильная версия ни один).