Какие альтернативные бэкенды sudo поддерживает и как он настроен?

GRUB не имеет никакого отношения к сервисам. Это только запускает Ваше ядро, и затем роль GRUB закончена, таким образом, была некоторая другая модификация, которая изменила список сервисов, которые запускаются при начальной загрузке системы.

Просто добавьте proftpd к сервисам, которые запускаются автоматически. Вы могли сделать это использование update-rc.d proftpd defaults.

Если у Вас есть теперь GRUB 0.9.x (Наследие GRUB), и Вы выбираете not to upgrade it to GRUB 2 there is no reason to change то решение. Нет никаких изменений в GRUB 2, который сделает Вас реальной разницей.