Как разместить все, что следует за псевдонимом ZSH, в середине его определения?

Вместо этого используйте функцию:

asciidots() (
    cd /Users/MYUSERNAME/asciidots/asciidots/ &&
    python3 __main__.py "$@"
)

"$@"расширяется до аргументов функции, и здесь я использовал (.. )вместо {.. }вокруг тела функции, чтобы заставить ее работать в подоболочке. Среда подоболочки имеет собственный рабочий каталог, поэтому после этого не нужно возвращаться к исходному каталогу.

(Это должно работать как минимум в Zsh и Bash, если я не ошибаюсь.)

См.:В Bash, когда использовать псевдоним, когда использовать скрипт и когда писать функцию?(в заголовке написано Bash, но большая часть этого, вероятно, относится и к Zsh.)