Проблема не в ~/.config/htop/htoprc
, а в цветовой схеме терминала.
У меня была эта проблема с темой One Dark в Konsole, использующей цветовую схему htop по умолчанию.
Есть два решения:
F2 → Colors → [x] Something different that you like!
Я изменился и теперь вижу цифры.