Для чего именно используется флаг Openssl -md?

Попробуйте зациклиться только на файлах .ncи создайте из них имена файлов .txt:

for FNC in *.nc
 do     FN=${FNC%.nc}
        echo $FNC, $FN
        cdo setgrid,"$FN".txt "$FN".nc "$FN"_WITH_BOUNDS.nc
        cdo remapcon,/mnt/my_dir/static.txt "$FN"_WITH_BOUNDS.nc "$FN"_WITH_BOUNDS_latlon.nc
  done

Перед запуском команд cdoвы можете проверить, существует ли аналог.txt.