Тактика отладки --как узнать, какой процесс пытается изменить файл?

Вы можете использовать инструменты inotify для просмотра каталога. Затем проверьте lsofс результатом. Теперь вопрос в том, какие события вы хотите -адаптировать соответствующим образом, проверьте man inotifywaitдля получения дополнительных параметров событий. Я решил записать файл и создать его:

 inotifywait -m -r -e modify -e create --format %w%f ~/.git  | 
 while read file ; do
    lsof ${file} 2>/dev/null
 done

Теперь, если, например,. запускается dd if=/dev/random of=/home/user/.git/test bs=1M count=10, вы увидите, кто это сделал.