Объединить аргументы с файлом рядом

pasteработает со стандартным вводом, но вам нужно указать, где (с аргументом -), и предоставить ввод на стандартный ввод:

echo AB_CD_EF | tr _ '\n' | paste -d\  prefix.txt -

В вашей попытке текст, который вы хотите вставить, предоставляется в качестве аргументов, а не на стандартном вводе; pasteожидает там имена файлов.