После дополнительных исследований я обнаружил, что правильный способ сделать это — через xinput.
В моем ноутбуке Lenovo есть и TrackPoint, и Touchpad, и их названия со временем меняются в зависимости от используемого драйвера. Важно убедиться, что вы установили правильное устройство. Для меня это TrackPoint. Его можно настроить на работу левой рукой с помощью следующей команды:
xinput set-prop "$(xinput list --name-only | grep -i 'trackpoint')" "libinput Left Handed Enabled" 1
Это переключает кнопки 1 и 3, но оставляет пэд нажатым на кнопку 1. Это можно проверить с помощью команды xev
.