Добавить переменную в путь к каталогу cd

Оболочка жалуется на команду source, а не на ваши файлы.

Похоже, что у вас оболочка /bin/sh, которая может быть оболочкой dash. Когда dashработает как sh, это оболочка POSIX и, следовательно, не имеет команды source. Команда sourceявляется расширением стандартной, обычно такой же или похожей на стандартную команду.(точка ).

Поэтому, если вы хотите получить эти файлы в своей оболочке /bin/sh, используйте команду .:

. "$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh"

Или измените свою оболочку на оболочку, например bash, которая реализует команду source.

Также обратите внимание, что строка #!не имеет значения в такого рода "точечных скриптах", поскольку скрипт читается текущей оболочкой, а не внешним интерпретатором.