Как удалить записи, начинающиеся с «chr1», но оставить записи с «chr11» или «chr19»?
Возможно, будет смысл немного изменить перенаправления:
<<< Hey > text.txt cat text.txt
Heyотправляется на стандартный ввод cat в виде строки. text.txtоткрывается для записи и усекается. Так что, если бы в нем был какой-то текст, он бы исчез.
catвыполняется с аргументом text.txt. Поскольку в качестве аргумента был указан файл, стандартный ввод игнорируется, поэтому Heyне используется. text.txtбыл усечен, поэтому, когда catпроходит через аргумент text.txt, выводить нечего, поэтому text.txt, который является стандартным выводом catчерез перенаправление, продолжает оставаться пустым.
Похоже, что после chr1 есть пробелы или табуляция. Таким образом, вы можете искать chr1, за которым следуют некоторые пробельные символы. Попробуйте это:
grep -v "chr1\s\+"
Во-первых, вы должны привязать свое регулярное выражение к совпадению только в начале строки (^chr1), чтобы избежать поиска строк, содержащих chr1, но не являющихся первой строкой (, это может легко произойти с аннотированным Файл VCF, например ). Далее вы можете использовать опцию -wдля (GNU )grep:
-w, --word-regexp
Select only those lines containing matches that
form whole words. The test is that the matching
substring must either be at the beginning of the
line, or preceded by a non-word constituent
character. Similarly, it must be either at the end
of the line or followed by a non-word constituent
character. Word-constituent characters are
letters, digits, and the underscore. This option
has no effect if -x is also specified.
Если ваш grepне поддерживает это, используйте это:
grep -v '^chr1\s' file
\sсоответствует пробелу (, включая табуляцию и пробелы ), поэтому исключаются все строки, начинающиеся с chr1, а затем любые символы пробела.