Используйте оболочку (или найдите ), чтобы найти rar-архивы. Распакуйте первый набор в новый каталог, затем распакуйте все, что в этом каталоге.
#!/bin/bash
shopt -s nullglob globstar
mkdir unrar
cd unrar
for i in../**/*.rar ; do unrar e -o- "$i" ; done
for i in **/*.rar ; do unrar e -o- "$i" ; done