В чем разница между SIGALRM и SIGVTALRM?

Ваша проблема в том, что вы передаете слишком много данных в dateс помощью xargs. Кроме того, вы не передаете дополнительную текстовую строку в конце, чтобы сделать ее частью вывода.

Было бы лучше сделать всю операцию в скрипте awk. Как в GNU awk, так и в mawkесть функции для основных манипуляций с отметками времени :

{
        YYYY    = substr($1, 1, 4)   # year
        mm      = substr($1, 5, 2)   # month
        dd      = substr($1, 7, 2)   # day
        HH      = substr($1, 9, 2)   # hour
        MM      = substr($1, 11, 2)  # minute
        SS      = substr($1, 13, 2)  # seconds
        sss     = substr($1, 15, 3)  # fractional seconds

        text    = substr($1, 18)     # the rest

        tm = mktime(sprintf("%s %s %s %s %s %s", YYYY, mm, dd, HH, MM, SS))
        printf("%s.%s %s\n", strftime("%Y-%m-%dT%H:%M:%S", tm, 1), sss, text)
}

Это выделяет различные компоненты входной временной метки в различные переменные, используя substr(). Затем время Unix вычисляется с использованием mktime()(. Предполагается, что входное время находится в местном часовом поясе ), и оно преобразуется в строку временной метки (UTC )в соответствующем формате с использованием strftime().

Обратите внимание, что доли секунды(sssв коде )никогда не являются частью вычислений времени, а вместо этого просто передаются как есть из ввода в вывод.

Запуск:

$ awk -f script.awk file
2019-10-14T14:16:53.042 nmd
2019-10-14T14:16:53.052 egc
2019-10-04T06:19:01.490 egc
2019-10-04T06:19:01.493 nex
2019-10-04T06:19:01.497 nex
2019-10-04T06:19:02.531 nex
2019-10-04T06:19:02.534 ksd

См. документацию по mktime()и strftime()в вашем руководстве awk.