Спасибо всем за ответы. Я понял, что эти 2 файла действительно жестко связаны друг с другом (имеют один и тот же индексный дескриптор №#)
Итак,
Find / -name (filename)
не будут отображаться другие файлы с жесткими ссылками, разбросанные по серверу
предлагаем использовать
Find / -samefile (filename)
, чтобы найти другие жесткие -связанные файлы.
Не бойся. Apt предлагает только обновление пакета, уже установленного в вашем дистрибутиве. В вашем случае его содержимое никогда не будет использовано.