Сценарий оболочки не запускается с вкладкой cron

Конечно, просто добавьте больше выходных файлов:

ffmpeg -i input.mp3 -ss S -to E -c copy output1.mp3 -ss S -to E -c copy output2.mp3 …

Параметры после входного файла фактически относятся к выходному файлу (, поэтому параметры -c, -ssи -toотносятся к выходному файлу ). И у вас может быть несколько выходных файлов.

(В отличие от мультиплексора сегментов, при желании вы можете иметь перекрывающиеся выходные данные. Либо разные кодеки, либо метаданные. Но ответ @Gyan с мультиплексором сегментов проще, если его ограничения вас устраивают ).