xargs
не поддерживает два заполнителя.
Используйте цикл for. На самом деле, два цикла (один для имен файлов и один для последовательности 12..14 ).
Например:
#!/bin/bash
for f in barcode0[1-4].fastq; do
bn="$(basename "$f".fastq)"
for k in {12..14}; do
krocus --verbose --output_file "out_krocus/${bn}_${k}Ecoli1.txt" \
/nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 --kmer "$k" "$f"
done
done
Приведенное выше решение устарело из-за того, что опция типа -заменена на -t.
Теперь команда:
xfce4-screenshooter -rs /dev/stdout | xclip -selection clipboard -t image/png