Замена пустой команды на noop решила проблему:
PKG_CHECK_MODULES(X11, x11 > 1.6.4, [AC_DEFINE(HAVE_X11)], [:])
Обычно такой медленный эффект достигается за счет времени загрузки и сканирования AV
работает 2 раза подряд:
$ time date
Mon, Nov 30, 2020 5:39:14 PM
real 0m0.294s
user 0m0.015s
sys 0m0.046s
$ time date
Mon, Nov 30, 2020 5:39:17 PM
real 0m0.046s
user 0m0.000s
sys 0m0.000s