Возможно, вы заразились вредоносным ПО. Вредоносное ПО находит способы спрятаться, поэтому вы не всегда можете доверять средствам отчетности.
Я бы попробовал эти методы диагностики:
Перенесено из вопроса
#!/bin/bash
source bashrc.sh mysources.sh
#myscript.sh
for line in $(cat Directories.dat)
do
SomeCommand $(echo $line | envsubst)
done