У меня была такая же проблема при выполнении приложения узла из cron, использующего NVM. Чтобы заставить оболочку bash читать файл.bashrc из cron, просто вызовите команду bash с опцией интерактивной оболочки `-l.
например:* * * * * /bin/bash -lc '/home/user/myapp.sh restart'
Если это не сработает, попробуйте установить переменную пути в crontab
41 7 * * * /bin/bash -lc "PATH=$PATH:/home/user/.nvm/versions/node/v8.10.0/bin && /home/user/script.sh restart "