Использование awk:
awk -n '$4 !=0 || $5 != 0 || $8 != 0 || $9 != 0 {print $0}' filename
Альтернативный вариант на тот случай, если в вашем файле один или несколько раз встречается подобное повторяющееся событие:
$ awk '/^Energy initial, next-to-last, final =/ {a[NR]=1}
{if(NR >= 3 && a[NR-2] == a[NR] && a[NR] == 1) {toprint=1; next}}
{if (toprint) {print $3; toprint=0}}' infile
Как бы то ни было, решение Хауке гораздо менее безобразно.