Вы можете использовать опцию groupadd's -g, чтобы указать идентификатор, который вы хотите, чтобы новая группа имела.
При изменении идентификаторов групп с помощью groupmodимейте в виду, что вам придется настроить права собственности на файлы, использующие старый идентификатор.

Is it ok to have two groups with GID in linux system

Это возможно (с использованием параметра -oв groupaddи groupmod), но по умолчанию это предотвращается.Имена пользователей и групп просто сопоставляют имя с идентификатором, поэтому дублирование идентификаторов может привести к неожиданным результатам. Например. вы не ожидали бы, что chownприсоединение каталога к группе с одним именем также даст доступ к группе с другим именем.

Правильным решением является централизованная система управления пользователями/группами

Такие системы, как LDAP (Облегченный протокол доступа к каталогам ), существуют для решения именно той проблемы, которую вы описываете -, управляя разрешениями согласованным образом в нескольких системах.
Вы сможете создавать пользователей/группы в одном месте, и все системы, подключенные к серверу LDAP, будут использовать одни и те же идентификаторы для каждого имени пользователя/группы.