Проблема связана с GID групп, я создаю локальную группу в каждом экземпляре с одинаковым именем, но они имеют разные GID, из-за этого последняя команда, которая выполняется в функциях, меняет разрешение.
Переустановите gpg.
sudo apt reinstall gpg
Найдите расположение gpg.
which gpg
> /usr/bin/gpg
Укажите путь из результатов which gpg
и запустите ldconfig
по нему.
sudo ldconfig /usr/bin/gpg