awk '{a[$1]=a[$1] FS $2} END{for(i in a) print i a[i]}' file
Выход:
AA 1 2 3 B 4 4 C 5 6 7 8Источник:https://stackoverflow.com/q/56716292/3776858
И снова в другую сторону:
awk '{for(i=2;i<=NF;i++){print $1,$i}}' file
Если я правильно понял, вы просто хотите получить результат первой записи файла.
вы можете найти точное совпадение с этой строкой
grep -w ">scaffold_3" file.fasta