Пакет отсутствует в обычных репозиториях, но находится на li.nux.ro.
Итак, включите репозиторий (и необходимый EPEL от Fedora):
yum install epel-release
rpm -Uvh https://li.nux.ro/download/nux/dextop/el6/x86_64/nux-dextop-release-0-2.el6.nux.noarch.rpm
Тогда можно
yum update
yum install xbindkeys
PS :Обратите внимание, что всякий раз, когда вы включаете новый репозиторий, система становится немного менее безопасной. Тем не менее, EPEL и li.nux.ro кажутся хорошо зарекомендовавшими себя и, вероятно, в порядке.