Вопросы Теги

Как разобрать файл и записать в отдельные столбцы

Sublime text также позволяет это сделать. Просто откройте изображение, и оно автоматически -обновится без каких-либо дополнительных настроек.

0
01.11.2021, 14:37
1 ответ

Учитывая этот образец ввода:

$ cat file1.gbk
DEFINITION  sca_32_chr11_3_0.
foo
            Orig. start  :: 381231
            Orig. end    :: 428233
                     /product="T1PKS"
                     /product="T1PKS"
bar
                     /product="T1PKS"
                     /product="T1PKS"
//
stuff
DEFINITION  sca_32_chr11_3_0.
            Orig. start  :: 464307
            Orig. end    :: 486217
                     /product="terpene"
nonsense
                     /product="terpene"
                     /product="terpene"
                     /product="terpene"
//
DEFINITION  sca_33_chr6_1_0.
            Orig. start  :: 140267
            Orig. end    :: 227928
                     /product="NRPS-like"
                     /product="T1PKS"
whatever
                     /product="NRPS-like"
                     /product="T1PKS"
                     /product="NRPS-like"
                     /product="NRPS-like"
                     /product="NRPS-like"
                     /product="T1PKS"
                     /product="T1PKS"
                     /product="T1PKS"


$ cat file2.gbk
here we go
DEFINITION  sca_39_chr11_5_0.
            Orig. start  :: 270154
more irrelevant text
            Orig. end    :: 324310
                     /product="NRPS"
                     /product="NRPS"
                     /product="NRPS"
                     /product="NRPS"

Этот скрипт:

$ cat tst.awk
BEGIN { OFS="\t" }
$1 == "DEFINITION"    {
    if ( ++cnt == 1 ) {
        print "Locus name", "start", "end", "ClusterType"
    }
    prt()
    locus = $2
}
/Orig\. start/        { start = $NF }
/Orig\. end/          { end = $NF }
sub(".*/product=","") { gsub(/"/,""); types[$NF] }
END { prt() }

function prt(   ct, type) {
    if ( locus != "" ) {
        for (type in types) {
            ct = (ct=="" ? "" : ct ",") type
        }
        print locus, start, end, ct
    }
    delete types
    locus = ""
}

будет производить этот вывод:

$ awk -f tst.awk *.gbk
Locus name      start   end     ClusterType
sca_32_chr11_3_0.       381231  428233  T1PKS
sca_32_chr11_3_0.       464307  486217  terpene
sca_33_chr6_1_0.        140267  227928  T1PKS,NRPS-like
sca_39_chr11_5_0.       270154  324310  NRPS
0
01.11.2021, 16:11

Теги

Похожие вопросы