Как вывести список всех файлов и получить общий размер всех файлов на sftp-сервере?

Вы можете использовать приведенный ниже Awkдля решения вашей проблемы. Сопоставьте пустую строку и посмотрите, начинается ли строка, начинающаяся с Alignments, сразу после этой

awk '!NF { line = NR; next } (NR = line + 1 ) && /^Alignments/{ printf "\n%s\n",$0; }' file