Я нашел решение. Судя по всему, даже если вы запускаете скрипт в той же директории, в которой находятся все папки, вам нужно явно указать ему путь к папкам, поэтому эти строки
ncrcat -C -F -d nj_u,$UarrJ1,$UarrJ2 -d ni_u,$UarrI1,$UarrI2 -v vel_u /${TimeNC} u${Time}.nc
нужно стать
crcat -C -F -d nj_u,$UarrJ1,$UarrJ2 -d ni_u,$UarrI1,$UarrI2 -v vel_u path/to/file/${TimeNC} u${Time}.nc