Fish Shell :Проблема со сценарием запуска

Конструкция $(foo)запустит команду fooи заменит $(foo)выводом выполнения foo. Вам нужен шар, это не команда. Вы пытаетесь запустить все файлы с именем ./zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD*. Все, что вам нужно, это:

if [ -f zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD.v ]
then
    for file in./zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD*;
    do
        perl -i -p -e 's/input/inout/g' "$file"
        perl -i -p -e 's/output/inout/g' "$file"
        perl -i -p -e 's/wire.*\n/tran\(i0,\ o\);/g' "$file"
        perl -i -p -e 's/assign.*\n//g' "$file"
    done
fi

Или проще:

if [ -f zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD.v ]
then
    for file in./zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD*;
    do
        perl -i -p -e 's/input/inout/g; s/output/inout/g; 
                       s/wire.*\n/tran\(i0,\ o\);/g; 
                       s/assign.*\n//g' "$file"
    done
fi

Или еще проще:

if [ -f zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD.v ]
then
    perl -i -p -e 's/input/inout/g; s/output/inout/g; 
                   s/wire.*\n/tran\(i0,\ o\);/g; 
                   s/assign.*\n//g'./zebu.work.post_opt/ZEBU_CTO_FT_MOD*
fi