Как измерить пропускную способность соединения SSH

Прежде всего, в конце вашего Dockerfile есть опечатка, но я думаю, что это произошло из-за копирования и вставки.

Тем не менее, я начал сборку, установив сначала rake. Таким образом, ваша последняя команда Docker должна быть:

RUN gem install bundler && \
    gem install rake && \
    wget -c https://github.com/wurmlab/sequenceserver/archive/1.1.0.beta12.tar.gz  && \
    tar xfvz 1.1.0.beta12.tar.gz && \
    cd sequenceserver-1.1.0.beta12 && \
    npm install && \
    bundle install