SFTP предоставляет все разрешения пользователю

Оболочка расширяется ~перед запуском sudo; вы можете увидеть это в действии сset -x:

$ set -x
$ sudo ls ~
+ sudo ls /home/skitt

, который показывает, что фактически запущенная команда уже имеет расширенный домашний каталог, используя текущего пользователя во время расширения.

Чтобы увидеть домашний каталог целевого пользователя, вы должны отложить расширение тильды:

sudo bash -c 'ls ~'