Почему нельзя удалить версию Java?

Не используйте echoвообще. Используйте printfи явно добавьте новую строку. Измените это:

echo -n "Operating System: "
ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "cat /home/user/Version.txt"
echo -n "sw_intall: "
ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "grep VERSION= /home/user/sw_install | cut -d'=' -f2 | tr -d '\"' |  head -1"
ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "rpm -qv kate --qf \"         Kate:  %{VERSION}.%{RELEASE}\""

К этому:

os=$(ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "cat /home/user/Version.txt")
swInstall=$(ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "grep VERSION= /home/user/sw_install | cut -d'=' -f2 | tr -d '\"' |  head -1")
kate=$(ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "rpm -qv kate --qf \"         Kate:  %{VERSION}.%{RELEASE}\"")

printf 'Operating System: %s\nsw_intall: %s\nKate: %s\n' "$os" "$swInstall" "$kate"

В качестве альтернативы используйте здесь документ:

cat<<EoF
Operating System: $(ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "cat /home/user/Version.txt")
sw_install: $(ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "grep VERSION= /home/user/sw_install | cut -d'=' -f2 | tr -d '\"' |  head -1")
Kate: $(ssh -t -o LogLevel=QUIET -o '''StrictHostKeyChecking no''' $NODENAME "rpm -qv kate --qf \"         Kate:  %{VERSION}.%{RELEASE}\"")
EoF