Не удалось создать каталог '/run/user/7093511/dconf' :Отказано в доступе. dconf не будет работать должным образом

Попробуйте это,

(cat file.txt && awk -F '|' '{print $1"dup|"$2}' file.txt) > file.dup.txt


cat file.dup.txt 

Nempar|EIJ87098.1
Ecanceri|ORD93056.1
Nempardup|EIJ87098.1
Ecanceridup|ORD93056.1

или с помощью sed:

(cat file.txt && sed 's/|/dup|/g' file.txt) > file.dup.txt