Это поведение по умолчаниюjoin
:
$ join <(sort file1) <(sort file2)
CN 70.55 618 CNGC Prote 703 2 3880
KN 82.546 1037 KN4 Kines 1033 2 1 3635
KN 82.849 1032 KN4 Kines 1033 2 1 3635
KN 82.946 1032 KN4 Kines 1033 2 1 3635
SC 61.92 625 SC7 SCARE 588 2 75702
SC 65.696 618 SC7 SCARE 588 2 75702