Я только что удалил все в своем домашнем каталоге. Как? И почему некоторые файлы все еще там?

Начиная с версии 20190722, вы можете использовать uq()в строке замены Perl, чтобы сделать эту замену без кавычек:

parallel myprogram '{=1 uq(); =}' {2} :::: variables.txt ::: My*.txt

Этого нельзя было сделать в более ранних версиях. Однако вы можете убрать всю команду из кавычек с помощью eval. Это решает первую проблему, но не решает вторую.

parallel eval myprogram {} :::: variables.txt