как избежать удаления папок в /run или /var/run

/var/run находится на tmpfs, которая является файловой системой памяти -. Его содержимое не сохраняется при перезагрузке. Вы не можете поместить туда что-либо, что должно быть сохранено при перезагрузке.

Сценарий запуска или конфигурация для kafka отвечает за создание /var/run/kafka. Если он запущен systemd, см. Создайте каталог в /var/run при загрузке . Если он запущен через сценарий оболочки, просто добавьте mkdir -p /var/run/kafka && chown kafka.hadoop /var/run/kafka.