обработка входных аргументов в сценарий bash

Предлагаю следующее решение:

#!/bin/bash

parse() {
        # get idX filenameX typeX
        id=$1
        filename=$2
        typo=$3

        # if typeX is missing, set to csv
        [ -z "$typo" ] && typo="csv"

        # check if filenameX exists on disk
        [ -f "$filename.$typo" ] && echo "Filename $filename exists"
}

while IFS= read -r line
do
        parse_line=`echo $line | grep -vE '^(\s*$|#)'`
        [ ! -z "$parse_line" ] && parse $parse_line
done < "$1"