Как сделать так, чтобы libtool учитывал префикс установки?

Вы можете сделать это, сохранив регистр switch внутри функции.

function testCase ()
{
    read -r -p "Would you like to continue  [Y/N] : " i
    case $i in
        [yY])
            echo -e "Resuming the script";;
        [nN])
            echo -e "Skipped and exit script"
            exit 1;;
        *)
            echo "Invalid Option"
            testCase
            ;;
    esac
}
testCase

Если ввод недействителен, функция будет вызывать функцию до тех пор, пока не будет получен допустимый ввод.